พิพิธภัณฑสถานแห่งชาติ พระปฐมเจดีย์ ตั้งอยู่ในบริเวณองค์พระปฐมเจดีย์ด้านทิศใต้เป็นอาคารทรงไทยประยุกต์ 2 ชั้น โบราณวัตถุที่รวบรวมได้ในระยะแรกได้ถูกนำมาเก็บรักษาไว้ที่ระเบียงคตรอบองค์พระปฐมเจดีย์ กระทั่ง พ.ศ. 2454 จึงได้ย้ายไปไว้ในวิหารตรงข้ามพระอุโบสถ ซึ่งต่อมาเรียกว่า พระปฐมเจดีย์พิพิธภัณฑสถาน ( ปัจจุบันยังคงเป็นพิพิธภัณฑสถานในความดูแลของวัดพระปฐมเจดีย์) พ.ศ. 2477 ได้ยกฐานะเป็นพิพิธภัณฑสถานแห่งชาติในความดูแลของกรมศิลปากร และเมื่อจำนวนโบราณวัตถุเพิ่มมากขึ้น อาคารหลังเดิมคับแคบ ต่อมาในปี พ.ศ. 2510 กรมศิลปากรได้รับงบประมาณให้สร้างอาคารพิพิธภัณฑสถานหลังปัจจุบันขึ้น และเคลื่อนย้ายโบราณวัตถุจากหลังเดิมมาจัดแสดงไว้ที่นี่ โดยโบราณวัตถุส่วนใหญ่เป็นหลักฐานในวัฒนธรรมทวารวดี (พุทธศตวรรษที่ 12-16) การจัดแสดงแบ่งออกเป็น 3 ส่วน ดังนี้

ส่วนที่ 1 แนะนำลักษณะทั่วไปของจังหวัดนครปฐม ประวัติความเป็นมาของดินแดนแห่งนี้ การตั้งถิ่นฐานของชุมชนก่อนประวัติศาสตร์ การติดต่อรับพุทธศาสนาและวัฒนธรรมจากอินเดียเข้ามาผสมผสานกับความเชื่อและวัฒนธรรมท้องถิ่น ภาพปูนปั้นรูปชาวต่างประเทศ ศิลาจารึกที่พบบริเวณเมืองโบราณนครปฐม

ส่วนที่ 2 เสนอเรื่องราวด้านศาสนาและความเชื่อของชุมชนทวารวดีที่นครปฐมสะท้อนผ่านงานศิลปกรรมประเภทต่างๆ โบราณวัตถุที่จัดแสดงในส่วนนี้ประกอบด้วย ชิ้นส่วนสถาปัตยกรรมและประติมากรรมประเภทต่าง ๆ เช่น พระพุทธรูป ภาพสลักเล่าเรื่องพุทธประวัติ ภาพปูนปั้นเรื่องชาดกประดับฐานเจดีย์และธรรมจักร

ส่วนที่ 3 เรื่องราวของนครปฐมหลังความรุ่งเรืองสมัยทวารวดี จนถึงสมัยที่พระบาทสมเด็จพระจอมเกล้าเจ้าอยู่หัวฯ โปรดเกล้าให้ปฏิสังขรณ์องค์พระปฐมเจดีย์ และเป็นงานสำคัญที่สืบเนื่องต่อมาในรัชกาลพระบาทสมเด็จพระจุลจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว ซึ่งเป็นช่วงที่นครปฐมได้รับการยกฐานะขึ้นเป็นมณฑลนครชัยศรี และในสมัยพระบาทสมเด็จพระมงกุฎเกล้าเจ้าอยู่หัว โปรดเกล้าฯ ให้ก่อสร้างพระราชวังสนามจันทร์ขึ้น เมืองนครปฐมได้รับการพัฒนาเรื่อยมา

วันทำการ เปิดให้บริการทุกวัน ตั้งแต่เวลา 09.00 น. - 16.00 น.

ค่าธรรมเนียมเข้าชม ชาวไทย 10 บาท ชาวต่างชาติ 30 บาท

การบริการ บริการนำชมสำหรับหมู่คณะ ร้านจำหน่ายหนังสือและของที่ระลึก 

การเดินทาง
จากกรุงเทพฯ ขับมุ่งตรงสู่ จ.นครปฐม โดยท่านจะผ่านแยกนครชัยศรี (ท่านา) และผ่านแยกบ้านแพ้ว และจะรอดใต้สะพานเข้าตัวเมืองนครปฐม (ไม่ต้องขึ้นสะพานนะครับ) จากนั้นขับตรงไปจะพบกับไฟแดงแรก จะมีป้ายบอกเลี้ยวขวาไปองพระปฐมเจดีย์ท่านสามารถไปทางนี้ก็ได้นะครับ (หลักกม.ที่56.3) จะพบกับสี่แยกไฟแดงหนึ่ง ซึ่งทะลุกับองค์พระปฐมเจดีย์ หรือถ้าท่านจะขับขึ้นสะพานลอยเข้าเมืองมาก็ไดเช่นกัน หลังจากลงสะพานลอยแล้วขับตรงมาเรื่อย ๆ ประมาณ 1 กม. จะพบประตูทางเข้าองค์พระปฐมเจดีย์เช่นกัน